A Kisalföld Volán Zrt. változatlan menetrendet tervez a Kapuvári Járás tekintetében.

A 16. sz. (Hegyeshalom) - Csorna - Szombathely vonalon a 6 pár IC megmarad Szombathely-Budapest viszonylatában, viszont a vonalon jelentős változások várhatóak 2013. őszétől, a villamosítás megkezdésétől. Első körben Porpác és Csorna között kell 140 napos vágányzárral számolnia a térségben élőknek, amelyből 20 nap teljes vonali vágányzár lesz, amikor is vonatpótló buszokkal történik az utasok elszállítása.

Az 1. sz. pótléktól az 1/d sz. Hegyeshalom – Rajka vasútvonalon helyesbítésre került a 2012. decemberi menetrendváltástól rendkívüli eljárással módosított 39849, 39859, és 39869 sz. vonatok menetrendje. (Hegyeshalom állomáson az 5:18 perces indulás helyett a tényleges indulás 5:26).

A 16. sz. vonalon a 39818 sz. vonat módosult, csornai indulása 21:15 percre, szombathelyi érkezése 22:27 percre változott csatlakozást biztosítva ezáltal a 17. sz. vonalon Zalaszentiván felé továbbutazni kívánó utasoknak.

2013. április 7-től az 1. sz. módosítás bevezetésétől feltételes megállóhelyek kerültek bevezetésre a 16. sz. vonalon (Hanság-Nagyerdő, Magyarkeresztúr-Zsebeháza, Páli-Vadosfa, Vica, Dénesfa, Csánig, Vámoscsalád, Vasegerszeg). Ezeken a megállóhelyeken a vonatok csak abban az esetben állnak meg, ha van le- vagy felszálló utas. Ezért kérik az utasokat, hogy leszállási szándékukat időben jelezzék a leszállás jelző készüléken, felszállás előtt pedig kérik az utasokat, hogy úgy helyezkedjen el, hogy az érkező vonat mozdonyvezetője időben láthassa utazási szándékukat. A vonat minden esetben lelassít a feltételes megállóhely előtt megbizonyosodva arról, hogy le/felszálló utas van-e az adott megállóhelyen. A menetrendkönyvben jelöléssel szerepel a feltételes megállóhely.